Τετρακόσια ένα σκαλιά χωρίζουν το λιμάνι του νησιού από τον Άγιο Γεώργιο του Βουνού, ένα εγκαταλελειμμένο μοναστήρι που θυμίζει κάστρο. Η μονή του Αγίου Γεωργίου του Βουνού περιβάλλεται από τεράστιες φυσικές πλάκες που αποτελούν τον περίβολο της, ο οποίος περιλαμβάνει τα ερειπωμένα πλέον κελιά των μοναχών και βοηθητικούς χώρους.

Η Σάμος είναι ένα μεγάλο νησί με πάρα πολλές παραλίες. Ενδεικτικά αναφέρουμε κάποιες: Η παραλία Κοκκάρι βρίσκεται 9 χμ. βορειοδυτικά από την πρωτεύουσα. Είναι βοτσαλωτή και τα νερά της είναι βαθιά. Προσοχή όταν φυσάει γιατί σηκώνει τεράστια κύμματα. Στην περιοχή του Μαραθόκαμπου βρίσκεται η παραλία Βοτσαλάκια. Έχει μήκος 3 χμ και η πρόσβαση με το αμάξι είναι εύκολη. Λίγο πιο πέρα από την παραλία Βοτσαλάκια θα συναντήσετε την παραλία του Αγίου Ιωάννη του Ελεήμονα. Η παραλία είναι τελείως ερημική και θα φτάσετε εκεί ακολουθώντας τις πινακίδες που οδηγούν στο Παλαιοχώρι.

Η Σάμος είναι ένα νησί με πολλούς υδροβιότοπους οι οποίοι φιλοξενούν διάφορα πουλιά που έρχονται για να βρουν τροφή, να αναπαραχθούν και να κρυφτούν από τους φυσικούς τους εχθρούς.

Οκτώ χιλιόμετρα έξω από το Πυθαγόρειο βρίσκεται ο αρχαιολογικός χώρος του Ηραίου, ίσως του μεγαλύτερου ναού στην Ελλάδα. Ο ναός ήταν αφιερωμένος στη λατρεία της θεάς Ήρας, συζύγου του Δία.

Το Πυθαγόρειο είναι χτισμένο πάνω στα ερείπια της αρχαίας πόλης της Σάμου και πιο συγκεκριμένα στη θέση που βρισκόταν το αρχαίο λιμάνι που κατασκεύασε ο Πολυκράτης. Το Πυθαγόρειο αποτελείται από τρεις οικισμούς: τον Καρπόβολο με 23 κατοίκους, τη Νέα Πόλη με 211 και τους Πούντες με 81. Το Πυθαγόρειο είναι το λιμάνι απόπλου για πλοιάρια που εκτελούν δρομολόγια προς στα παράλια της Μικράς Ασίας και τις αρχαίες πόλεις της Ιωνίας. Ημερήσιες εκδρομές με καϊκια ξεκινούν καθημερινά προς τις πανέμορφες παραλίες της Σαμιωπούλας, Τσόπελα, Κακό Ρέμα, Κυριακού, Ασπρος Κάβος κ.α.

Το Αρχαιολογικό Μουσείο Σάμου βρίσκεται στην πρωτεύουσα του νησιού, το Βαθύ, και στεγάζεται σε δύο κτίρια στο κέντρο της πόλης. Το ένα κτίριο είναι το "Πασχάλειον αρχαιοφυλάκειον", το παλιό μουσείο του 1912 και το άλλο κτίριο είναι αυτό του "Νέου Μουσείου" που κτίστηκε με δαπάνες γνωστής αυτοκινητοβιομηχανίας και εγκαινιάστηκε τη δεκαετία του 1980.

Το Λαογραφικό Μουσείο της Σάμου ιδρύθηκε από το Πνευματικό Ίδρυμα Νικολάου Δημητρίου το 1997. Βρίσκεται στην περιοχή του Πυθαγόρειου και ιδρύθηκε για να δώσει στους επισκέπτες μια ολοκληρωμένη εικόνα της καθημερινότητας των κατοίκων του νησιού ως το 1940.

Σε απόσταση 0,5 μίλι από τη Σάμο βρίσκεται το ακατοίκητο -σήμερα- νησάκι Σαμιοπούλα. Διοικητικά υπάγεται στο Δήμο Πυθαγορείου και στη Νομαρχία Σάμου. Έχει μία μόνο παραλία, την Ψαλίδα, ένα γραφικό ταβερνάκι και λίγα ενοικιαζόμενα δωμάτια. Το όνομα της σημαίνει ”μικρή Σάμος” και είναι η μεγαλύτερη από τις νησίδες που περιβάλλουν τη Σάμο με μήκος 2,15 χμ.

Από τα λιγοστά κτίσματα στο νησί είναι τα ξωκλήσια της Αγίας Πελαγίας και της Αναλήψεως του Σωτήρος, καθώς και παλιές αποθήκες που χρησίμευαν στα χρόνια που το νησί κατοικούνταν, μέχρι δηλαδή το 1981.

Η όμορφη πρωτεύουσα της Σάμου βρίσκεται στο βορειοανατολικό τμήμα του νησιού. Το Βαθύ αρχικά ήταν ένας μικρός οικισμός κοντά στο λιμάνι ο οποίος σιγά-σιγά αναπτύχθηκε και εξελίχθηκε στη σύγχρονη πόλη που είναι σήμερα. Η πόλη είναι κτισμένη αμφιθεατρικά στον κόλπο του βαθέος, από τον οποίο και πήρε το άνομα της.

Η πόλη είναι γεμάτη γραφικές γειτονιές με μερικά από τα σημαντικότερα αξιοθέατα του νησιού να βρίσκονται διάσπαρτα στους δρόμους της, όπως η Πλατεία του Πυθαγόρα στο λιμάνι με το μαρμάρινο λιοντάρι της.