Πρόκειται για δύο νησάκια, το Άνω και Κάτω Κουφονήσι που τα χωρίζει ένας πορθμός 200 μέτρων, στα νοτιοανατολικά της Νάξου και δυτικά της Αμοργού. Ίχνη ανθρώπινης παρουσίας έχουν εντοπιστεί εδώ από την προϊστορική εποχή, όπου άκμασε ο πρωτοκυκλαδίτικος πολιτισμός όπως ανέδειξαν σημαντικά εύρηματα, τα οποία σήμερα εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο της Νάξου. Σε διάφορες ιστορικές περιόδους τα Κουφονήσια αποτέλεσαν ορμητήριο πειρατών και ενώθηκαν με το πρώτο Ελληνικό Κράτος, μετά την Επανάσταση του 1821.

Το βορειότερο νησί των Μικρών Κυκλάδων, η Δονούσα, είναι ένας επίγειος παράδεισος για όσους θέλουν να κάνουν διακοπές μακριά από τα πολύβουα δημοφιλή τουριστικά θέρετρα. Πρωτεύουσα και λιμάνι του νησιού είναι η Δονούσα ή Σταυρός, ένας μικρός πανέμορφος κυκλαδίτικος οικισμός χτισμένος σ’ έναν προστατευμένο και απάνεμο κόλπο και είναι το μέρος που συγκεντρώνει όλες τις τουριστικές υποδομές του νησιού. Εδώ βρίσκεται η εκκλησία του Τίμιου Σταυρού του 19ου αιώνα, προς τιμήν της οποίας κάθε χρόνο στις 14 Σεπτεμβρίου στήνεται πανηγύρι και έρχονται προσκυνητές από τα γύρω νησιά.

Η Χώρα της Σαμοθράκης απέχει 6 χιλιόμετρα από το λιμάνι της Καμαριώτισας και βρίσκεται στο εσωτερικό του νησιού. Είναι χτισμένη αμφιθεατρικά στους πρόποδες του όρους Σάος, μέσα στα πεύκα, πάνω από τα ερείπια του μεσαιωνικού κάστρου των Gattiluzzi (1300-1400). Από τη Χώρα ξεκινούν και τα οδοιπορικά προς το όρος Σάος και την κορυφή του, το Φεγγάρι.

Η Χώρα έχει από τα πιο όμορφα πλακόστρωτα δρομάκια και καλντερίμια, με μικρά διώροφα σπιτάκια κολλητά το ένα με το άλλο. Τα σπίτια είναι διατεταγμένα με τέτοιον τρόπο ώστε να μην "κόβουν" ποτέ τον ήλιο το ένα στο άλλο.

Αναμφισβήτητα, ανάμεσα στις παραδόσεις που διατηρούνται στο νησί, ξεχωριστή θέση κατέχει η Γιορτή του Παστελιού. Πρόκειται για ένα μίνι φεστιβάλ αφιερωμένο στο αγαπημένο γλύκισμα της Αμοργού, όπου το κοινό έχει την ευκαιρία να παρακολουθήσει τη διαδικασία παρασκευής του, από παραδοσιακούς “μάστορες” και τους βοηθούς τους, οι οποίοι στη συνέχεια το διανέμουν στους παρευρισκόμενους. Η διαδικασία συνοδεύεται από συναυλία με τοπική μουσική, για να ακολουθήσει λαϊκό γλέντι με ρακή και χορούς, μέχρι το πρωί.

Το Αρχαιολογικό Μουσείο της Αμοργού βρίσκεται στη Χώρα και στεγάζεται στον Πύργο του Γαβρά, ένα κτίσμα βενετσιάνικης αρχικτεκτονικής, που ανάγεται στον 16ο αιώνα. Άνοιξε τις πύλες του στο κοινό το 1963, για να στεγάζει ευρήματα των τριών αρχαίων πόλεων της Αμοργού (Αιγιάλη, Αρκεσίνη και Μινώα), χρονολογούμενα από τα προϊστορικά χρόνια, έως και τη Ρωμαϊκή εποχή, το 2ο αιώνα μ.Χ.

Το χαρακτηριστικό των παραλιών της Αμοργού είναι τα διάφανα νερά τους και ο υπέροχος βυθός. Οι περισσότερες παραλίες βρίσκονται στο βόρειο κομμάτι του νησιού καθώς το νότιο καταλαμβάνετε από τους απότομους βράχους.

Μέσα σ’ ένα τοπία ανέγγιχτο από την ανθρώπινη παρέμβαση, η Κάτω Μεριά θεωρείται η πιο ειδυλλιακή τοποθεσία της Αμοργού. Βρίσκεται στο νοτιοδυτικό τμήμα του νησιού και αποτελείται από τα χωριά Βρούτσι, Καλοφάνα, Καμάρι, Αρκεσίνη και το συνοικισμό Ραχούλα, όπου πλέον διαμένουν ελάχιστοι κάτοικοι.

Στο λόφο, πάνω από το λιμάνι των Καταπόλων, βρίσκονται τα ερείπια της Αρχαίας Μινώας, μία από τις τρεις αρχαίες πόλεις της Αμοργού, όπου σύμφωνα με την παράδοση, βρισκόταν το θερινό ανάκτορο του Μίνωα.

Το σήμα κατατεθέν της Αμοργού αποτελεί η Μονή της Παναγίας Χοζοβιώτισσας ή Κυνηγημένης, η οποία είναι και προστάτιδα του νησιού. Πρόκειται για ένα θαύμα αμυντικής και θρησκευτικής αρχιτεκτονικής που βρίσκεται γαντζωμένο σε έναν απότομο βράχο 300 μέτρα πάνω από την παραλία της Αγίας Άννας. Έχει ύψος 40 μέτρα και πλάτος 5 μέτρα και είναι ορατή μόνο από το πέλαγος. Χτίστηκε το 1088 στο σημείο που βρέθηκε η εικόνα της Παναγίας που προερχόταν από την περιοχή Χόζοβο της Παλαιστίνης.

Μία από τις γραφικότερες πρωτεύουσες των Κυκλάδων, η Χώρα της Αμοργού, είναι χτισμένη περίπου στο κέντρο του νησιού σε απόσταση 5 χιλιομέτρων από το λιμάνι των Καταπόλων, γύρω από έναν επιβλητικό βράχο όπου βρίσκεται το ενετικό κάστρο.