Η Σάμος είναι ένα νησί με πολλούς υδροβιότοπους οι οποίοι φιλοξενούν διάφορα πουλιά που έρχονται για να βρουν τροφή, να αναπαραχθούν και να κρυφτούν από τους φυσικούς τους εχθρούς.
Οι πιο γνωστοί υδροβιότοποι της Σάμου είναι ο υδροβιότοπος της Αλυκής, το έλος του Μεσόκαμπου, οι λίμνες Γλυφάδες του Πυθαγορείου και το έλος της Χώρας. Ο υδροβιότοπος της Αλυκής βρίσκεται στο ανατολικό τμήμα του νησιού, απέναντι από τα μικρασιατικά παράλια, έχει έκταση 420 στρ. και κάθε χρόνο συγκεντρώνει πολλά πουλιά, φλαμίνγκο, αγριόπαπιες, κύκνους και ερωδιούς. Επίσης, το μέρος συγκεντρώνει και μικρά θηλαστικά όπωε σκαντζόχοιρους, κουνάβια, λαγούς και τσακάλια.
Σε πολύ μικρή απόσταση από την Αλυκή βρίσκεται ο υδροβιότοπος του Μεσόκαμπου, ο μεγαλύτερος υδροβιότοπος του νησιού με έκταση 1400 στρέμματα. Η βιολογική αξία του υδροβιότοπου οφείλεται στο γεγονός ότι η οργιώδης βλάστηση από βούρλα και καλαμιές πού τον χαρακτηρίζει, αποτελεί σπουδαίο καταφύγιο των μεταναστευτικών πουλιών αλλά και της τοπικής πανίδας. Εδώ βρίσκουν καταφύγιο καστανόχηνες, πάπιες και άλλα πουλιά. Η περιοχή αποτελεί τον κατάλληλο χώρο για το φώλιασμα και την αναπαραγωγή των πουλιών αφού οι καλαμιώνες τους προσφέρουν προστασία και κάλυψη από την ενοχλητική παρουσία του ανθρώπου κατά την φάση της αναπαραγωγής τους.
Οι λίμνες Γλυφάδες είναι δύο λίμνες στην περιοχή του δήμου Πυθαγορείου. Στις λίμνες αυτές συχνάζουν πολλά μεταναστευτικά πουλιά όπως ερωδιοί πάπιες και αργυροπελεκάνοι.
