Η όμορφη πρωτεύουσα της Σάμου βρίσκεται στο βορειοανατολικό τμήμα του νησιού. Το Βαθύ αρχικά ήταν ένας μικρός οικισμός κοντά στο λιμάνι ο οποίος σιγά-σιγά αναπτύχθηκε και εξελίχθηκε στη σύγχρονη πόλη που είναι σήμερα. Η πόλη είναι κτισμένη αμφιθεατρικά στον κόλπο του βαθέος, από τον οποίο και πήρε το άνομα της.
Η πόλη είναι γεμάτη γραφικές γειτονιές με μερικά από τα σημαντικότερα αξιοθέατα του νησιού να βρίσκονται διάσπαρτα στους δρόμους της, όπως η Πλατεία του Πυθαγόρα στο λιμάνι με το μαρμάρινο λιοντάρι της.