Οκτώ χιλιόμετρα έξω από το Πυθαγόρειο βρίσκεται ο αρχαιολογικός χώρος του Ηραίου, ίσως του μεγαλύτερου ναού στην Ελλάδα. Ο ναός ήταν αφιερωμένος στη λατρεία της θεάς Ήρας, συζύγου του Δία.
Είναι δίπτερος ιωνικού ρυθμού και έχει 155 τεράστιες κολόνες. Επίσης, στο ναό υπάρχει και δίκτυο με πήλινους αγωγούς για την αποχέτευση των νερών της βροχής. Εντύπωση κάνει ο μεγάλος βωμός του ναού που χρονολογείται από το 560 π.Χ, καθώς επίσης και η Ιερά οδός, ο δρόμος που οδηγούσε από την πόλη της Σάμου στο ιερό. Η Ιερά οδός έχει μήκος 5 χμ και κατα μήκος της υπάρχουν ερείπια από σπουδαία οικοδομήματα. Τα ευρήματα από το Ηραίο βρίσκονται εκτεθειμένα στο Αρχαιολογικό μουσείο της Σάμου. Αξίζει να σημειωθεί ότι η Ουνέσκο έχει ανακηρύξει το Ηραίον ως έναν από τους Θησαυρούς της Παγκόσμιας κληρονομιάς.
