Βρίσκεται στο Νησί των Μουσείων και είναι το νεότερο από τα 5 μουσεία. Άνοιξε το 1930 και πήρε το όνομα του από το βωμό της Περγάμου που είναι ένα θεόρατο μνημείο που φιλοξενείται εκεί.
Σχεδιάστηκε από τον Alfrend Messed και αργότερα από τον Ludwig Huffman και χτίστηκε ως συμπλήρωμα του διπλανού μουσείου του Beute το οποίο αδυνατούσε να εκθέσει τα εκθέματα του καθώς οι Γερμανοί αρχαιολόγοι συνέχισαν τις εκσκαφές σ' όλο τον κόσμο. Η ιδέα για το νέο μουσείο ξεκίνησε το 1907 και η κατασκευή του άρχισε το 1920 και κράτησε 20 χρόνια.