Στην πλατεία του μητροπολιτικού ναού της Νάξου βρίσκεται ένα μοναδικό στο είδος του μουσείο, στην Ελλάδα και σε όλο τον κόσμο. Σε αυτό εκτίθενται ευρήματα από την αρχαία πόλη της Γρότας, στο σημείο όπου βρέθηκαν μετά από ανασκαφές κατά τη δεκαετία του 1980, τα οποία αποφασίστηκε να παραμείνουν στη θέση τους και να παρουσιαστούν στο κοινό μ’ αυτόν τον πρωτότυπο τρόπο. Από τη Μυκηναϊκή εποχή, ο επισκέπτης θα δει τμήμα του τείχους που διατηρείται σε πολύ κατάσταση, πάγκους με άψητα αγγεία και μικρά εργαστήρια κατασκευής αγγείων.
Μουσεία
Η επεξεργασία και εμπορία καπνού αποτέλεσε το σημαντικότερο κεφάλαιο στη νεότερη ιστορία της Καβάλας, έχοντας φέρει οικονομική ανάπτυξη στην πόλη, μέχρι τη δεκαετία του 1950 όπου το καπνεμπόριο έπεσε σε ύφεση, εξ’ αιτίας της μαζικής εισαγωγής καπνού από χώρες του εξωτερικού. Μοναδικό στο είδος του, τόσο σε τοπικό, όσο και σε ευρωπαϊκό επίπεδο, το Μουσείο Καπνού άνοιξε τις πύλες του την άνοιξη του 2003 στο ισόγειο του κτιρίου του πρώην Ελληνικού Οργανισμού Καπνού, έχοντας ως πρωταρχικό στόχο την ανάδειξη αυτής της ιστορικής κληρονομιάς.
Το Αρχαιολογικό Μουσείο της Μήλου βρίσκεται στην πρωτεύουσα του νησιού Πλάκα και στεγάζεται σε ένα νεοκλασικό κτίριο του 19ου αιώνα, που αποτελεί έργο του Γερμανού αρχιτέκτονα Ερνστ Τσίλλερ και λειτουργεί ως μουσείο από το 1985. Στα εκθέματά του περιλαμβάνονται κυρίως ευρήματα της προϊστορικής εποχής με ευρήματα από την αρχαία πόλη της Φυλακωπής, αλλά και διάφορα άλλα ευρήματα της γεωμετρικής, αρχαϊκής, κλασικής και ελληνιστικής περιόδου, προερχόμενα από τον οικισμό Κλήμα, που υπήρξε το κέντρο του νησιού.
Άρρηκτα δεμένη με τη γενικότερη ιστορική πορεία του νησιού, η μεταλλευτική δραστηριότητα ξεκίνησε στη Μήλο κατά τη νεολιθική εποχή, το 8000 π.Χ. Χάρη στην ηφαιστειακή προέλευση του νησιού, το έδαφος της Μήλου διαθέτει έναν μοναδικό ορυκτό πλούτο και στο πέρασμα των αιώνων αναπτύχθηκε σε σημαντικό βαθμό η εξόρυξη και εμπορία τους για διάφορες χρήσεις, όπως θείο, καολίνη, αλουνίτη, τραχείτη κ.ά. Το Μεταλλευτικό Μουσείο της Μήλου άνοιξε τις πύλες του το 1998 στον Αδάμαντα, σε ένα διώροφο κτίριο.
Το μουσείο Βυζαντινού Πολιτισμού στεγάζεται σε ένα σύγχρονο κτίριο στο κέντρο της Θεσσαλονίκης, δίπλα στο Αρχαιολογικό Μουσείο, σε μία έκταση 11.500 τμ. Όντας ένα από τα πιο σύγχρονα μουσεία στην Ελλάδα, έχει σκοπό τη συγκέντρωση, την προστασία, τη μελέτη και την προβολή έργων τέχνης και αντικειμένων του Βυζαντινού πολιτισμού από την εποχή της ακμής του μέχρι και την περίοδο που ακολούθησε μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους Τούρκους το 1453. Τα έργα που φιλοξενούνται στο Μουσείο προέρχονται από την περιοχή της Μακεδονίας, και ιδιαίτερα από τη Θεσσαλονίκη.
Ιδρύθηκε το 1964 από το Μάνο Φαλτάιτς και αποτελεί ένα από τα πρώτα ιστορικά Λαογραφικά Μουσεία της Ελλάδας, έχοντας ως στόχο τη διάσωση της πλούσιας παράδοσης της Σκύρου. Στεγάζεται στο παλιό αρχοντικό των Φαταγηδών, που είναι χτισμένο πάνω στον μεγαλύτερο πύργο των αρχαίων πελασγικών τειχών, τον επονομαζόμενο "Παλαιόπυργο".
Το μουσείο Καλών Τεχνών Bonnefanten, ιδρύθηκε το 1884 οως ένα ιστορικό και αρχαιολογικό μουσείο. Το όνομα του προκύπτει από τα Γαλλικά bons enfants που σημαίνει "καλά παιδιά", που ήταν το όνομα ενός μοναστηριού που στέγασε το μουσείο από το 1951 μέχρι το 1978. Το 1995 το μουσείο μεταφέρθηκε στην τωρινή τοποθεσία του σε ένα κτίριο που σχεδιάστηκε από τον Ιταλό αρχιτέκτονα Aldo Rossi και αποτελεί ένα από τα σύμβολα της πόλης. Από το 1999 και μετά το μουσείο έχει γίνει αποκλειστικά ένα μουσείο τέχνης και οι αρχαιολογικές και ιστορικές εκθέσεις έχουν μεταφερθεί σε άλλα μουσεία.
Ο Μάρκος Βαμβακάρης, η μεγάλη μορφή του ρεμπέτικου τραγουδιού, που έγινε γνωστός στην Ελλάδα και στο εξωτερικό ιδίως με τη "Φραγκοσυριανή" κατάγονταν από τη Σύρο. Το μουσείο του Μάρκου Βαμβακάρη βρίσκεται στην Άνω Σύρο και στεγάζεται στο διώροφο σπίτι όπου γεννήθηκε το 1905 και έζησε ο μεγάλος ρεμπέτης τα πρώτα χρόνια της ζωής του.
Η πλούσια βιομηχανική κληρονομιά της Ερμούπολης υπήρξε το κίνητρο για να δημιουργηθεί αυτό το πολύ ενδιαφέρον μουσείο που άνοιξε τις πύλες του το 2000. Βρίσκεται στο κέντρο της Ερμούπολης και στεγάζεται σε ένα κτιριακό συγκρότημα που άλλοτε αποτελούσε τη βιομηχανία της πόλης. Η μόνιμη έκθεση του μουσείου περιλαμβάνει 307 σπάνια τεκμήρια για τη βιοτεχνική κληρονομιά της Ερμούπολης με χάρτες και εικόνες από το τέλος του 17ου έως τα μέσα του 20ου αιώνα, αρχιτεκτονικά και πολεοδομικά σχέδια δημιουργίας της νεοκλασικής Ερμούπολης, ομοιώματα πλοίων και ζωγραφικούς πίνακες συριανών ζωγράφων.
Στην Ερμούπολη βρίσκεται ένα από τα πιο παλιά αρχαιολογικά μουσεία της χώρας μας, που ιδρύθηκε το 1834 και στεγάζεται στο χώρο του Δημαρχείου, ένα σημαντικό μνημείο της πόλης, έργο του Ενρστ Τσίλλερ. Αρχικά ιδρύθηκε ως κεντρικό νομαρχιακό μουσείο των Κυκλάδων, επειδή η Ερμούπολη είναι η πρωτεύουσα του νομού και περιελάμβανε εκθέματα από όλα τα νησιά των Κυκλάδων. Αργότερα με την ίδρυση τοπικών μουσείων και σε άλλα νησιά, πλέον τα ευρήματα του μουσείου περιορίζονται μόνο σε ευρήματα από τη Σύρο και ελάχιστα από την Αμοργό και την Κύθνο.