Όπου και να γυρίσει κανείς το βλέμμα του στη Σαμοθράκη βλέπει φύση, καθώς η βόρεια πλευρά του νησιού είναι γεμάτη ελιές, βελανιδιές, καστανιές, πλατάνια και σφένδαμους, αλλά και άλλα δέντρα που είναι μοναδικά όχι μόνο στην Ελλάδα αλλά και σε ολόκληρη τη Μεσόγειο, όπως ο Ίταμος και η Κελτίδα. Στο νότιο τμήμα του νησιού συναντούμε ελαιώνες και έναν μικρό κάμπο 5000 στρεμμάτων περίπου αγροτικής γης. Οι θάμνοι που καλύπτουν το νησί είναι οι τσικουδιές, οι μυρτιές, οι αγριοτριανταφυλλιές, οι αγριοκληματαριές, τα σπαρτά και τα ρείκια.
Στη Σαμοθράκη, επίσης, υπάρχει πλήθος πηγών, ρυακιών και ποταμιών που έρχονται από το όρος Σάος και καταλήγουν στη θάλασσα. Στο νησί υπάρχουν 16 διαφορετικοί τύποι οικότοπων, ενώ το μέρος προσφέρεται για να ξεκουραστούν πολλά αποδημητικά πουλιά κατά το μεταναστευτικό τους ταξίδι την άνοιξη και το φθινόπωρο. Επίσης, στο νησί υπάρχουν 962 είδη χλωρίδας. Καταφύγιο στο νησί βρίσκει και η φώκια Monachus monachus, καθώς το νησί έχει αρκετές θαλάσσιες σπηλιές και είναι πλούσιο σε ψάρια.
Κάθε καλοκαίρι ο ορειβατικός σύλλογος του νησιού οργανώνει ανάβαση στην κορυφή του όρους Σάος στην πανσέληνο του Αυγούστου.
