Το Σπήλαιο της Αποκάλυψης αποτέλεσε τον πρώτο τόπο προσευχής του Αγίου Ιωάννη Θεολόγου, που εξορίστηκε εδώ το 95 μ.Χ.. Τα γραφόμενά του προέκυψαν από αποκαλύψεις που έλαβε θαυματουργικά από το Θεό μέσα από μια σχισμή του βράχου. Το όραμα της Αποκάλυψης και η συγγραφή του μοναδικού προφητικού βιβλίου της Καινής Διαθήκης, έχουν καταστήσει το Σπήλαιο αυτό ιερό και κάθε χρόνο δέχεται χιλιάδες προσκυνητές.
Στο εσωτερικό του Σπηλαίου υπάρχουν οι οπές, που χρησιμοποιούσε ο Ιωάννης Θεολόγος είτε για ανάκληση, είτε ως χειρολαβές στήριξης. Στο βράχο της οροφής του βρίσκεται μία τριπλή σχισμή, η οποία εμφανίστηκε κατά τη στιγμή του οράματος της Αποκαλύψεως και συμβολίζει την τριπλή υπόσταση Θεού. Στην είσοδο του σπηλαίου υπάρχει ένα ψηφιδωτό, όπου αναπαριστά το όραμα του Ιωάννη και μέσα στο σπήλαιο ο επισκέπτης μπορεί να δει την κατοικία του.
Για τους επισκέπτες διατίθεται ένα φυλλάδιο με λεπτομερείς εξηγήσεις των εικόνων και της θρησκευτικής σημασίας του κάθε βράχου εντός του σπηλαίου. Η σημερινή εικόνα δεν ανταποκρίνεται στην αρχική εικόνα του σπηλαίου, καθώς ιερομόναχοι και μοναχοί που υπηρέτησαν το Σπήλαιο, έχτισαν γύρω του κελιά και παρεκκλήσια. Η αρχή έγινε από το μητροπολίτη Καισαρείας Γρηγόριο, ενώ το 1713 προστέθηκαν νέα κτίρια από τον Άγιο Μακάριο Καλογερά. Αυτά φιλοξένησαν το χώρο που πρωτοστέγασε την Πατμιάδα Εκκλησιαστική Σχολή, ερείπια της οποίας σώζονται μέχρι σήμερα.
Αργότερα συνεχίστηκε η ανοικοδόμηση, από τον μητροπολίτη Βιζύης Δανιήλ και τον ιεροδιάκονο Αλέξανδρο Απλανά, διαδοχικά, για να φτάσει στη σημερινή του μορφή. Τις παρεμβάσεις ολοκλήρωσε ο ιερομόναχος Αμφιλοχίας Μακρής, ο οποίος στόλισε με τοιχογραφίες το Ναό της Αποκαλύψεως. Σήμερα ο προσκυνητής βρίσκει τα παρεκκλήσια του Θεολόγου, της Αγίας Άννης, του Αγίου Νικολάου και του Αγίου Αρτεμίου.
Την περιοχή του σπηλαίου επέλεξαν για να μονάσουν πολλοί ερημίτες, αλλά και πολλές σημαντικές προσωπικότητες της εκκλησίας. Το 1999, μαζί με το Μοναστήρι του Αγίου Ιωάννη Θεολόγου, το σπήλαιο ανακηρύχθηκε μνημείο Παγκόσμιας Πολιτιστικής Κληρονομιάς από την UNESCO. Βρίσκεται περίπου στο μέσο της διαδρομής μεταξύ της Χώρας και της Σκάλας, επάνω στο βουνό.
