Το μοναστήρι είναι αφιερωμένο στον Άγιο Ιωάννη τον Πρόδρομο και γιορτάζει στις 29 Αυγούστου τιμώντας την απότομη της κεφαλής του Αγίου. Το προσωνύμιο "Δέτης" προέκυψε είτε από το γεγονός ότι πολλά πλοία "έδεναν" (αγκυροβολούσαν) στο φυσικό κόλπο της περιοχής, είτε από τα θαύματα που αποδίδονταν στον Άγιο που "έδενε" δηλαδή θεράπευε την ελονοσία μια μάστιγα για τους κατοίκους του νησιού κατά τον 18ο και 19ο αιώνα.
Η χρονολογία ίδρυσης του Μοναστηριού του Αγίου Ιωάννη του Δέτη είναι κάπως συγκεχυμένη. Η πρώτη αναφορά στο τοπωνύμιο "Άγιος Ιωάννης" προέρχεται από χειρόγραφα του 1530. Επιπλέον, ναυτικοί χάρτες του 1776 μαρτυρούν την ύπαρξη κτιρίου στο σημείο, χωρίς όμως να πληροφορούν αν πρόκειται για μοναστήρι ή εκκλησία.
Η παλαιότερη επιγραφή που συναντά κάποιος στο μοναστήρι ανάγεται στο 1806 και αναφέρει την ανακαίνιση της μονής από τον μοναχό Ιωσάφ. Μεταγενέστερα έγγραφα πληροφορούν ότι ο χώρος του μοναστηριού λειτουργούσε ως "λαζαρέτο" δηλαδή ως χώρος καραντίνας 40 ημερών που φιλοξενούσε πληρώματα και ταξιδιώτες που έφταναν στο νησί ώστε να μη μεταδίδονται επιδημίες στον ντόπιο πληθυσμό. Το 1833 το μοναστήρι εγκαταλείπεται από τους μοναχούς του εξ' αιτίας του νόμου του Όθωνα περί μοναστηριών. Ενώ τέλος, αξίζει να σημειωθεί ότι το 1964 με άδεια της εκκλησιαστικής και κοινοτικής αρχής εγκαταστάθηκε στο χώρο της μονής η Ολλανδή ζωγράφος Gisele D’ Ailly η οποία έμεινε σε αυτό μέχρι το 1982. Σε αυτό το διάστημα μάλιστα, η ζωγράφος επισκεύασε τα κτίρια της μονής.
