Το Αρχαιολογικό Μουσείο Νισύρου είναι ένα νέο σχετικά μουσείο και βρίσκεται σε κεντρικό δρόμο στην πρωτεύουσα του νησιού, το Μανδράκι. Το κτίριο στο οποίο στεγάζεται κτίστηκε με δαπάνες των αδελφών Γιαννίδη και παραχωρήθηκε στο Υπουργείο Πολιτισμού το 2001. Προς το παρόν στο μουσείο δημιουργούνται εργασίες επέκτασης του υπόγειου χώρου και του ισογείου, ενώ προβλέπεται και η κατασκευή δύο στεγάστρων στον αύλειο χώρο του μουσείου για τα μαρμάρινα μέλη που εκτίθενται εκεί.
Στο ισόγειο θα εκτεθούν ευρήματα από την προϊστορική εγκατάσταση στο Γυαλί, απέναντι από τη Νίσυρο τα οποία χρονολογούνται γύρω στο 4.000 π.Χ. Στη συνέχεια, σε μεγάλο χώρο θα εκτεθούν τα ευρήματα της Νεκρόπολης. Επίσης, στο μουσείο θα υπάρχει και αναπαράσταση τμήματος κλασικού νεκροταφείου, πλήθος γλυπτών, αναθηματικές επιγραφές και επιτύμβιες στήλες.
Στον κάτω χώρο του μουσείου θα εκτεθούν ευρήματα και φωτογραφίες από τη Νίσυρο της Παλαιοχριστιανικής, Βυζαντινής και Μεταβυζαντινής εποχής. Πιο σημαντικά είναι η απεικόνιση του μεταβυζαντινού τέμπλου από τον καθολικό ναό της Παναγιάς της Σπηλιανής, τμήματα τοιχογραφιών από τις βυζαντινές εκκλησίες του νησιού και φορητές εικόνες από τις μεταβυζαντινές εκκλησίες της Νισύρου.
Στον αύλειο χώρο του μουσείου θα εκτεθούν μαρμάρινα μέλη, όπως μεγάλα γλυπτά, βάσεις αγαλμάτων, επιτύμβια ανάγλυφα κ.ά.
Το μουσείο παραμένει κλειστό από 8/12/2009. Για περισσότερες πληροφορίες επικοινωνήστε με το Αρχαιολογικό Μουσείο Νισύρου στο τηλέφωνο 22420 31348.