Ο ναός της Κοιμήσεως της Θεοτόκου είναι ένας από τους παλαιότερους ναούς της Έδεσσας. Χτίστηκε το δεύτερο μισό του 14ου αιώνα και ήταν αφιερωμένο στην του Θεού Σοφία. Είναι τρίκλιτη ξυλόστεγη βασιλική και το ξυλόγλυπτο τέμπλο του ναού, των μέσων του 18ου αιώνα, είναι διανθισμένο με εικόνες του ζωγράφου Αποστόλη Λογγιανού Βοδενιότη (1761). Η εκκλησία άλλαξε από της Αγίας Σοφίας σε Κοίμηση της Θεοτόκου από ένα ψέμα.
Θρησκευτικά
Το Γενί Τζαμί είναι το μοναδικό τέμενος που διασώζεται στην Έδεσσα, τα υπόλοιπα έχουν καταστραφεί. Χτίστηκε το 1904 με έξοδα του Πασά Χασάν Φεχμί και τότε ήταν το έκτο τέμενος της πόλης. Το 1937 χαρακτηρίστηκε διατηρητέο μνημείο, κατά τη διάρκεια της γερμανικής κατοχής, το 1942 συγκεκριμένα, έγινε μουσείο και σήμερα είναι χώρος φύλαξης αρχαιολογικών ευρημάτων. Αρχιτεκτονικά είναι επηρεασμένο από τη βυζαντινή αρχιτεκτονική, και πιο συγκεκριμένα από την Αγία Σοφία της Κωνσταντινούπολης.
Ο Άη Γιάννης στο Καστρί στα βόρεια του νησιού είναι ένα πανέμορφο εκκλησάκι που έγινε πολύ γνωστό όταν προβλήθηκε στην ταινία "Mamma mia!". Είναι χτισμένο πάνω σε ένα βράχο που αναβλύζει από την θάλασσα και θα χρειαστεί να ανεβείτε πάνω από 100 σκαλοπάτια. Η θέα του γαλάζιου της θάλασσας με την Αλόννησο στο βάθος, είναι μαγευτική ενώ κάτω ακριβώς από των βράχο βρίσκετε μια μικρή παραλία με πεντακάθαρα νερά. Το εκκλησάκι είναι μικρό και απλό, κλασικό εκκλησάκι της ορθόδοξης παράδοσης, που παρόλο που περνάνε χιλιάδες τουρίστες κάθε καλοκαίρι διατηρεί την απλότητα του.
Ο Άγιος Νικόλαος Θάσου βρίσκεται στο Λιμένα, ακριβώς δίπλα από την αρχαία Αγορά. Τιμά τον άγιο-προστάτη των ναυτικών. Χτίστηκε το 835 μ.Χ. και μάλιστα για το χτίσιμό της χρησιμοποιήθηκαν υλικά από την αρχαία Αγορά. Όπως όλες τις εκκλησίες, μπορείτε να την επισκεφθείτε όποτε θέλετε.
Ο βραχώδης ναός των Αγίων Θεοδώρων είναι ένας χαρακτηριστικός ναός που θυμίζει τους ναούς της Καππαδοκίας. Το τέμπλο της είναι κτιστό και οι τοίχοι της σπηλιάς έχουν τοιχογραφίες. Όλα έχουν γίνει σε δύο φάσεις. Μία στα τέλη του 11ου αιώνα που ονομάζεται "μοναστική" και η δεύτερη στα τέλη του 12ου και αρχές του 13ου αιώνα, τη λεγόμενη μεταβατική περίοδο. Οι τοιχογραφίες είναι σπάνια δείγματα των τεχνοτροπιών αυτών και απεικονίζουν τον Αρχάγγελο, τον ασπασμό της Παναγίας με την Ελισσάβετ, την Κοίμηση της Θεοτόκου, την Επίσκεψη και τη Μεγάλη Δέηση.