Ξεκίνησε ως μια μικρή συλλογή γλυπτών και με το πέρασμα των αιώνων μετατράπηκε σε ένα συγκρότημα από τα εντυπωσιακότερα μουσεία του κόσμου που χαρακτηρίζεται για τις καλύτερες συλλογές τέχνης στον πλανήτη.
Τα Μουσεία του Βατικανού ιδρύθηκαν υπό την αιγίδα των δύο Παπών 18ου αιώνα – Κλήμης ΙΔ΄ (1769-1774) και Πίος ΣΤ΄ (1775-1799) - ο οποίος ήταν από τους πρώτους υποστηρικτές να ανοίξουν τις συλλογές τέχνης στο ευρύ κοινό. Έτσι λοιπόν το κυρίως κτίριο στο συγκρότημα φέρει το όνομά τους, ως Pio-Clementine Museum.