Η Νίσυρος είναι ένα νησί με έντονη θρησκευτική ιστορία και παρουσία. Οι εκκλησίες και τα ξωκλήσια του νησιού παρουσιάζουν έντονο αρχαιολογικό και θρησκευτικό ενδιαφέρον.
Το μοναστήρι της Παναγίας της Σπηλιανής βρίσκεται χτισμένο μέσα στο Ενετικό κάστρο της Νισύρου, σε μια φυσική σπηλαιώδη κοιλότητα, εξ ου και το όνομα του. Το σπήλαιο χωρίζεται σε δύο ναούς: ο βόρειος ναός είναι αφιερωμένος στην κοίμηση της Θεοτόκου και ο νότιος στον Άγιο Χαράλαμπο. Η εικόνα της Παναγίας της Σπηλιανής είναι από τις πιο διάσημες εικόνες στην Ελλάδα. Η εκκλησία έχει όμορφες τοιχογραφίες και πλούσια αφιερώματα, καθώς και μια μεγάλη συλλογή από εκκλησιαστικά κειμήλια και σπάνιες εκδόσεις βιβλίων.
Άλλα μοναστήρια στη Νίσυρο είναι το μοναστήρι του Σταυρού, το μοναστήρι της Παναγίας της Κυράς και του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου.
